O Futebol Clube de Penafiel foi fundado em 1951, no seguimento da vontade dos seus habitantes em criarem um clube para a cidade de Penafiel, que estava há alguns anos sem uma organização desportiva que representasse a localidade.

Anteriormente ao seu surgimento já tinham sido criados outros clubes na cidade, mas que acabaram por desaparecer, foram eles, o Sport Club de Penafiel e a União Desportiva Penafidelense.

O Sport Club de Penafiel foi a primeira formação a surgir, a 17 de Abril de 1923. Dez anos depois, em 1933, surge a União Desportiva Penafidelense. Em 1943 os dois clubes fundiram-se dando origem ao Club Desportivo de Penafiel.

O Club Desportivo de Penafiel somente existiu durante 6 anos, até 1949, uma vez que acabou por nunca reunir o total consenso e o apoio da massa associativa proveniente do Sport Club de Penafiel e da União Desportiva Penafidelense.

Em 1951, após dois anos de ausência de um clube desportivo que representasse a cidade, surge o FC Penafiel, que adoptou um equipamento com as mesmas cores do antigo Sport Clube de Penafiel, que se manteve até hoje.

A primeira presença do FC Penafiel na Primeira Divisão Nacional aconteceu no ano de 1980, sob a orientação do treinador Luís Miguel, sendo que os penafidelenses mantiveram-se no primeiro escalão até 1982, ano em descem à Segunda Divisão.

Em 1983, desta vez com o técnico José Moniz, regressam ao primeiro nível do futebol português, onde permanecem até 1985/1986, época em que são despromovidos ao segundo escalão do futebol nacional.

Após um ano de permanência na Segunda Divisão, em 1987, dirigida pelo treinador José Romão, a formação de Penafiel volta a ascender à Primeira Divisão Nacional, mantendo-se até 1992.

No mesmo ano, voltam a descer para o segundo escalão onde actuam durante 12 temporadas até 2003/2004, época em que ingressam na SuperLiga Galp Energia, sob o comando do técnico Manuel Fernandes.

A melhor posição alcançada pela equipa de Penafiel no Campeonato Nacional foi o 10º lugar, facto que ocorreu nas temporadas de 1980/1981 e 1987/1988.
Na época de 1985/ 1986, com o treinador Fernando Cabrita, o clube penafidelense atingiu as meias-finais da Taça de Portugal, onde foi derrotado pelo Benfica.

Pela equipa de Penafiel já passaram jogadores como Sérgio Conceição e Jorge Costa, Pedro Emanuel e Secretário (atletas que posteriormente ingressaram no FC Porto).

Uma das características do clube tem sido, nos últimos anos, a vertente de formação de jovens futebolistas, o que tem originado que anualmente apresente cerca de 450 a 500 jovens nos seus escalões de futebol juvenil.

As escolas de formação do Penafiel já deram origem a jogadores como Morais, que esteve presente no Torneio de Toulon, realizado em Junho de 2004 e Bruno Amaro que já fez parte de Selecções juvenis.

O recinto do clube, pertencente à autarquia local, foi construído a 21 de Janeiro de 1934 com o nome de Estádio de Leiras, por estar situado na zona com o mesmo local.

Após a revolução de 25 de Abril de 1974, gerou-se, entre os adeptos penafidelenses, uma divisão quanto ao nome a ser atribuído ao Estádio.

Por um lado, existia uma facção de pessoas que pretendia iniciar uma nova etapa da vida do clube e propunha que o recinto passasse a chamar-se Estádio Municipal 25 de Abril e por outro, um grupo de adeptos que desejavam que o Estádio mantivesse o nome anterior.

Após alguns desentendimentos, realizou-se uma assembleia municipal, na qual ficou decidido que o recinto passaria a chamar-se Estádio Municipal 25 de Abril, em consonância com a data da revolução.

O Estádio tem uma capacidade para cerca de 6000 lugares e o Penafiel conta com sensivelmente 3 000 associados.