O Moreirense filiou-se pela primeira vez como equipa de futebol a 1 de Novembro de 1938, no seguimento da vontade de algumas pessoas em constituírem uma formação, que até à data, jogava em vários sítios somente com o objectivo de se distraírem.

Devido a dificuldades económicas surgidas no decurso da II Grande Guerra Mundial, o clube esteve, entre 1943 a 1970, sem participar em nenhuma prova oficial, realizando unicamente encontros de carácter particular.

Este período, foi também marcado pelas dificuldades com que a equipa se deparou para encontrar um recinto próprio para a prática desportiva.

Durante esta fase, a formação teve de recorrer a recintos escolares, campos de cultivo, bem como a outros espaços que satisfazessem as condições necessárias para a prática do futebol.

Mas, graças ao esforço de pessoas de Moreira de Cónegos interessadas em ter um clube com um estádio, a exemplo de outros clubes de diferentes regiões , o problema da falta de um espaço para realizar os seus próprios encontros foi ultrapassado.

No ano de 1970, o Moreirense inaugura o seu primeiro recinto de jogos, onde actua até 1974, ano em que é construído o actual Estádio com o nome de Parque Desportivo Comendador Joaquim de Almeida Freitas.

A partir da temporada de 1984/85, o Moreirense iniciou um percurso de ascensão no futebol português, subindo na época de 1987/88 da III divisão à II divisão B, em 2000 ascende à II divisão de honra, atingindo pela primeira vez o escalão máximo do futebol nacional em 2002, sob a orientação do treinador Manuel Machado.

O técnico, que na temporada de 2000/2001 assumiu os destinos da equipa, tem sido, nos últimos anos, o grande impulsionador do futebol do Moreirense.

Vindo do Vitória de Guimarães, onde esteve esteve durante dezanove anos nas suas camadas jovens, Manuel Machado reuniu no Moreirense jogadores provenientes das escolas de formação da equipa vimaranense.

Nas duas últimas épocas, com jogadores que actuam juntos há vários anos, a equipa de Moreira de Cónegos tem efectuado boas exibições na SuperlIga Galp Energia, que lhe têm permitido manter-se a meio da respectiva tabela classificativa.

O Estádio do clube, o Parque Desportivo Comendador Joaquim de Almeida Freitas, foi remodelado e reinaugurado a 20 de Outubro de 2002, e tem uma lotação para 6 000 lugares.