O seu surgimento, em 1910, deveu-se ao objectivo de se constituir uma equipa de futebol que defrontasse as formações de marinheiros, que desembarcavam no Funchal.

As cores do equipamento inicial do Marítimo têm uma ligação à implantação da 1ª República em Portugal, o verde e o vermelho, por associação à nova bandeira nacional, simbolizavam o desejo da população em ter um novo sistema político em substituição da Monarquia, que estava em crise.

O clube funcionou, no seu início, como oposição a uma outra equipa do arquipélago da Madeira, com o nome de Club Sports Madeira, que tinha um equipamento com as cores da Monarquia, azul e branco.

O Marítimo é um dos clubes com maior tradição de permanência no primeiro nível do futebol português, tendo militado somente por sete épocas na segunda divisão.

O seu acontecimento futebolístico mais importante foi a conquista do Campeonato de Portugal (primeiro campeonato de futebol organizado em Portugal), na época de 1925/1926.

No derradeiro encontro da prova, decorrido a 6 de Junho de 1926, os madeirenses derrotaram o Belenenses por 2-0, tornando-se assim na 5.ª equipa portuguesa a sagrar-se Campeã Nacional.

Nos últimos anos, a equipa da Madeira tem tido uma prestação ascendente no futebol português, tendo mesmo alcançado por duas vezes a final da Taça de Portugal em 1994 e 2001, onde foi finalista vencido.

Além disso, a formação insular tem-se classificado, nas últimas temporadas, nas posições cimeiras da tabela classificativa e como consequência já participou em quatro edições da Taça UEFA nas temporadas de 1993/1994, 1994/1995, 1998/1999 e em 2000/2001.

Tal como aconteceu com o Nacional da Madeira, os sócios do Marítimo recusaram, em 1997, a proposta do presidente da Região Autónoma da Madeira, Alberto João Jardim, que pretendia unificar num só único clube as três principais equipas do arquipélago madeirense.

O Marítimo conta actualmente com 12 500 sócios e joga habitualmente no Estádio dos Barreiros, inaugurado em 1927, que actualmente pertence ao Governo Regional da Madeira. O recinto tem uma capacidade para 10 000 espectadores.