O Estoril foi fundado em 1939 pela Sociedade Estoril Plage.

Em 1944, a formação da Amoreira atinge, pela primeira vez na sua história, a final da Taça de Portugal, onde foi derrotado pelo Benfica.

A melhor classificação obtida pelos estorilistas aconteceu em 1948, ano em que se posicionou no quarto lugar da tabela classificativa.

O seu último regresso ao primeiro escalão do futebol nacional aconteceu na temporada de 2003/2004, sob a orientação do treinador Ulisses Morais.

Pela equipa canarinha já passaram futebolistas como Carlos Manuel, Mário Jorge, Litos, Bouderbala, Erwin Sanchez e Pauleta (actualmente no Paris St. Germain).

Nas escolas de formação do Estoril actuaram jogadores como Paulo Ferreira (actualmente no Chelsea) e Hugo Leal, que representou o Benfica e o Paris St. Germain.

O clube da Amoreira já contou também, com alguns dos melhores treinadores portugueses da actualidade tal como Carlos Queiroz, que iniciou a sua carreira de treinador de futebol, como adjunto de Mário Wilson.

Fernando Santos, que viria posteriormente a orientar o FC Porto, AEK de Atenas e o Sporting, estreou-se igualmente como treinador na formação estorilista na época de 1987/1988.

O Estádio António Coimbra da Mota, vulgarmente conhecido como Estádio da Amoreira por estar localizado na zona do Vale da Amoreira, tem uma capacidade para 18.000 espectadores.